Salah satu dari lima sekolah lanjutan atas di Kedungreja adalah MA Syamsul Huda. Madrasah ini berdiri pada hari Ahad, 11 Juni 2006 berdasarkan musyawarah pendirian madrasah dari 4 (empat) unsur yakni pengurus Ya BAKII Pusat, Kesugihan, pengurus Ya BAKII Perwakilan Kedungreja dan para tokoh agama dan masyarakat di wilayah Kedungreja.
Ketika itu hadir KH. Chasbulloh Badawi, yang memberi pengarahan dan penegasan urgensi adanya pendidikan tingkat Aliyah di Desa Ciklapa, Kecamatan Kedungreja. Sedangkan KH. Syuhud Muchson, Lc memberi motivasi dan memandu pembentukan panitia pendirian. Maka pengangkatan kepala madrasah (Mun’imul Huda, S.Ag) dan ketua Komite madrasah (Sunarto, S.Pd) berhasil dengan baik.
Sebagai sebuah lembaga pendidikan yang baru lahir maka MA Syamsul Huda mulai menjalankan visi, misi dan program kerja. Sejak dibuka pendaftaran pada bulan Juli 2006 MA Syamsul Huda mendapatkan 30 siswa angkatan pertama. Walaupun dengan keterbatasan yang ada, kegiatan belajar mengajar dapat berjalan dengan cukup efektif. Siswa pun bertambah seiring berjalannya waktu.
Sejak Hari Ahad, 9 Desember 2007 peletakan batu pertama dilaksanakan, hadir saat itu KH. Chasbulloh Badawi, KH. Badruddin (Ulama Kedungreja), Kepala Desa Ciklapa ( Tasikun MS), dan anggota DPRD Cilacap ( Taufiqurrohman) serta beberapa tokoh agama Desa Ciklapa. Sejak selesainya peletakan batu pertama, pembangunan cukup lama terhenti akibat pendanaan yang terhambat. Penulis ingat pada waktu itu, semua siswa sangat berharap untuk segera masuk pagi seperti sekolah lain. Hal ini disebabkan sekolah sore sangat melelahkan bagi pendidik (guru) yang sejak pagi mengajar di sekolah lain, sedangkan bagi siswa menganggap waktu siang sebagai waktu istirahat karena sejak pagi sibuk membantu orang tua.Maka semua siswa dimobilisasi untuk mengedarkan kalender untuk mencari dana pembangunan. Usaha ini cukup berhasil walaupun memakan waktu lama untuk mengembalikan modal dan mendapat keuntungan. Hasilnya kemudian dibelilah batu bata dan pasir namun pembangunan belum juga berlanjut. Berkah doa dari semua pihak sejak bulan Juni 2008 MA Syamsul Huda mendapat bantuan pemerintah dan pembangunan pun berlanjut. Masih segar ingatan kita, ketika para siswa bergotong royong membersihkan pekarangan dari pohon bambu yang lebat dan pengurugan pondasi dengan tanah urug.
Pembangunan dari waktu ke waktu terus berlanjut, gedung yang sangat diharapkan mulai terlihat bentuknya. Sejalan dengan di bulan Ramadan pun pembangunan tanpa berhenti, bahkan dipercepat untuk mengejar waktu. Dengan harapan setelah hari raya segera ditempati dan sebelumnya diresmikan bersamaan Haul Almarhum Simbah KH. ‘Abdurrozaq. Acara persemian dan haul pun dilaksanakan sesuai jadwal yakni tanggal 9 Syawal 1429 H / 9 September 2008. dan acara ini sukses tanpa halangan berarti dalam suasana idul fitri dan kekeluargaan.
